生物の単位は、実質的な繁殖集団（メンデル集団）であり、種ではない[1]ともされる。
また、どのレベルで生じる累積的変化を進化と見なすかについては意見が分かれている[2]ともされる。種あるいはそれより高次レベルの変化だけを進化と見なす意見などもあるという[3]。また進化遺伝学では集団内の遺伝子頻度の変化を進化と呼ぶことがある[4]という。さらには文化的伝達による累積的変化を進化に含める場合もある[5]という。
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遺伝現象は、生物において子が親と同じ形質を持つことを証明したが、にもかかわらず長期的視野では生物はその形質を次第に変えてゆくものと考えられている。たとえばヒトは類人猿的動物からいくつかの中間段階を経て現在の姿になったと考えられている。このような変化を進化と言う。
進化によって生物は多様化し、現在に見られる複雑な生き物は初期の単純な生命体から生じたと考える。進化は、チャールズ・ダーウィンなど複数の博物学者が動物や植物の分類学的な洞察から導きだした仮説から始まった。進化は実証しづらい現象である。だが、現在の自然科学ではこの説を裏付ける証拠が、形態学、遺伝学、比較発生学、分子生物学などさまざまな分野から提出されており、進化はほぼ確実に起こってきたことである、と生物学者・科学者からは認められている。
進化が実際にあった事柄であるとの判断は、生物学のさまざまな分野から得られた知見によるものである。
比較解剖学は、主として動物において、体の内部構造を把握し、それをさまざまな種の間で比較しながら、外見だけではわからないような、その構造の意味を説き明かしてきた。
その結果、根本的に全く内部構造の異なる器官が、外見が表面上よく似たものになることがあり、しかもそれが同じ機能を果たすケースがあることを見つけた（脊椎動物の目とイカなど軟体動物の目など）。このような相似器官が見つかったことで、ほとんどの場合において、一つの機能を実現するのには何通りもの解決法があることが示され、生命にとって普遍的な特性がすべて必要であるという説は信じがたくなった[要出典]。このことはまた、ある特定の機能を果たすためには、本来異なった部位であっても、同じ目的にあわせると、どうしても外見上の類似を生ずるのだろう、と言うこともできる